Charles Bovary on lihtne maa arst, kes abiellub alguses naisega, kelle on valinud tema ema. Tema naine, kes on haige ja vana, sureb varsti pärast abiellumist. Charles jääb murtud südamega üksi.
Pärast naise surma abiellub Charles Emmaga, talunik Rouault ilusa ja elava tütrega. Emma võlub Charles’i oma ilu ja sarmiga, ning ta usub, et on taas leidnud õnne.
Emma oli üles kasvanud kloostris, kus ta kiindus romantilisse kirjandusse. Ta unistas elust, mis oleks täis põnevust, kirge ja luksust.
Kui Emma Charles’iga abiellub, loodab ta, et tema unistused täituvad. Kuigi Charles on lahke ja pühendunud, on ta igav ja vähese kujutlusvõimega mees.
Nende elu väikeses Tostesi külas hakkab Emmat kiiresti tüütama ning tal on igav. Igapäevane rutiin on monotoonne ja ta tunneb end provintsliku eluviisi all lämmatatuna.
Charles otsustab kolida suuremasse külla, Yonville’i, lootes, et see muutus teeb Emma õnnelikumaks. Ta usub, et uus keskkond ja uued inimesed võivad tuua tema ellu rõõmu.
Yonville’is saavad Emma ja Charles tütre, kelle nimeks on Berthe. Kuigi neil on laps, tunneb Emma end rahulolematuna ja lõksusolevana. Ta ei pööra Berthele palju tähelepanu, jättes ta tihti teenija hoolde.
Emma unistab särast ja romantikast, mida ta oma raamatutest loeb. Ta kujutab ette elu, mis on täis uhkeid pidusid, ilusaid riideid ja tundelisi armulugusid.
Yonville’is kohtab Emma Rodolphe Boulangerit, jõukat ja nägusat maaomanikku. Rodolphe märkab Emma õnnetust ja otsustab teda oma meeleheaks võrgutada. Ta näeb Emmas väljakutset ja naudib armujahi põnevust.
Nad alustavad kirglikku ja salajast afääri. Emma usub, et on lõpuks leidnud armastuse ja põnevuse, mida igatseb. Rodolphe’i tähelepanu paneb teda tundma elusa ja ihaldatuna.
Ta unistab põgenemisest koos Rodolphe’iga, kuid Rodolphe vaid mängib tema tunnetega. Kui saabub aeg koos põgenemiseks, hülgab Rodolphe ta, jättes Emma murtud südamega üksi. Emma haigestub saadud šokist ja meelehetest nii tõsiselt, et jääb nädalateks voodisse.
Pärast taastumist kohtub Emma Léon Dupuis’ga, noore ja kauni juristiabiga, kellel on Emmaga ühine armastus kirjanduse ja kunsti vastu. Nad arutlevad tihti raamatute ja muusika üle ning leiavad teineteise seltsis lohutust.
Alguses on nad vaid sõbrad, kuid peagi muutub nende suhe salajaseks armuafääriks. Emma reisib Roueni linna, et Léoniga salaja kohtuda, tundes end tema seltsis elusa ja õnnelikuna.
Nad külastavad teatreid, muuseume ja kohvikuid, nautides oma ühist huvi. Kuid aja jooksul Léon väsib ja lõpetab nende suhte, jättes Emma taas end hüljatuna tundma.
Püüdes oma rahulolematuse eest põgeneda, hakkab Emma meeletult raha kulutama. Ta ostab kalleid riided, luksuslikku mööblit ja uhkeid kingitusi, lootes nii oma elu tühimikku täita. Ta osaleb ekstravagantsetel õhtustel vastuvõttudel, püüdes sukelduda rikkuse ja peenuse maailma.
Ta laenab raha kaupmehelt nimega Lheureux, kuid ei räägi Charles’ile oma kasvavatest võlgadest. Tema rahaline olukord halveneb ja ta ei suuda oma võlausaldajatele maksta. Emma proovib oma asju müüa ja kaalub raha teenimiseks isegi ebaseaduslikke viise, kuid miski ei aita.
Emma võlad väljuvad kontrolli alt ja Lheureux nõuab nende tasumist. Meeleheitel ja ilma võimalusteta võlgu tasuda pöördub Emma abi saamiseks Rodolphe’i ja Léoni poole, kuid mõlemad keelduvad.
Tundes end lõksus ja lootusetuna, võtab Emma apteegist ostetud arseeni ning sureb aeglaselt ja piinarikkalt. Tema elu viimased hetked, mil ta mõistab oma tegude tagajärgi, on täidetud kahetsuse ja valuga, .
Charles on Emma surmast murtud. Mõni päev pärast tema surma avastab ta kirjad, mis paljastavad Emma afäärid Rodolphe’i ja Léoniga. Südamevalust ja tõest murtuna halveneb Charlesi tervis.
Ta muutub varjuks oma endisest minast, olles kummitatud Emma ja nende koosoldud ajaga seotud mälestustest. Varsti pärast seda ta sureb, jättes nende tütre Berthe üksi.
Berthe saadetakse elama vaese sugulase juurde. Ilma vanemateta seisab ta silmitsi raske ja üksildase eluga. Teda hakatakse sageli tähelepanuta jätma ja ta peab kõvasti tööd tegema, et aidata sugulastel ots otsaga kokku tulla.
Emma püüdlus parema ja põnevama elu järele viis tragöödiani, mitte ainult tema enda, vaid ka kogu tema pere elu.