Charles Bovary je jednoduchý vidiecky lekár, ktorý sa najprv ožení so ženou, ktorú mu vybrala matka. Jeho prvá manželka, chorľavá staršia žena, čoskoro zomrie. Charles zostal sám a má zlomené srdce.
Po jej smrti sa Charles ožení s Emmou, krásnou a temperamentnou dcérou farmára Rouaulta. Emma uchváti Charlesa svojou krásou a šarmom a on verí, že opäť našiel šťastie.
Emma bola vychovaná v kláštore, kde si vypestovala lásku k romantickým románom a snívala o živote plnom vzrušenia, vášne a luxusu.
Keď sa vydá za Charlesa, dúfa, že sa jej sny splnia. Charles, hoci milý a oddaný, je však nudný a bez nápaditosti.
Ich život v malej dedinke Tostes Emmu rýchlo omrzí. Denný režim je monotónny a ona sa cíti dusená provinčným životným štýlom.
Charles sa rozhodne presťahovať do väčšej dediny Yonville v nádeji, že vďaka tejto zmene bude Emma šťastnejšia. Verí, že nové prostredie a noví ľudia by jej mohli priniesť radosť do života.
V Yonville majú Emma a Charles dcéru Berthe. Napriek tomu, že má dieťa, sa Emma cíti nenaplnená a uväznená. O Berthe sa málo zaujíma, často ju necháva v opatere slúžky.
Emma sníva o pôvabe a romantike, o ktorej číta vo svojich románoch. Predstavuje si život plný luxusných večierkov, elegantných šiat a intenzívnych milostných vzťahov.
V Yonville sa Emma zoznámi s Rodolpheom Boulangerom, bohatým a atraktívnym majiteľom pôdy. Rodolphe si všimne Emmino nešťastie a rozhodne sa ju zviesť pre svoje pobavenie. Vníma ju ako výzvu a užíva si vzrušenie z prenasledovania.
Začnú vášnivý, tajný románik. Emma verí, že konečne našla lásku a vzrušenie, po ktorých túži. Vďaka Rodolphovej pozornosti sa cíti živá a žiadaná.
Sníva o úteku s Rodolphem, ale on sa iba pohráva s jej emóciami. Keď príde čas utiecť, Rodolphe ju opustí a zlomí jej srdce. Emma zo šoku a zúfalstva vážne ochorie, týždne pripútaná na lôžko.
Po zotavení sa Emma stretáva s Leonom Dupuisom, mladým a pekným advokátom, ktorý zdieľa jej lásku k literatúre a umeniu. Často diskutujú o knihách a hudbe a nachádzajú útechu v spoločnosti toho druhého.
Spočiatku sú len kamaráti, no ich vzťah sa čoskoro zmení na tajný románik. Emma cestuje do mesta Rouen, aby sa tajne stretla s Léonom, pričom sa v jeho spoločnosti cíti plná života a radosti.
Navštevujú divadlá, múzeá a kaviarne a tešia sa z ich spoločných záujmov. Postupom času sa však Leon unaví a ukončí ich románik, takže Emma sa opäť cíti opustená.
V snahe uniknúť svojej nespokojnosti začne Emma márnotratne míňať. Kupuje drahé oblečenie, luxusný nábytok a bohaté darčeky v nádeji, že zaplní prázdnotu vo svojom živote. Navštevuje extravagantné večierky a snaží sa ponoriť do sveta bohatstva a sofistikovanosti.
Požičia si peniaze od obchodníka menom Lheureux, no nepovie Charlesovi o svojich rastúcich dlhoch. Jej finančná situácia sa zhoršuje a ona nie je schopná zaplatiť svojim veriteľom. Emma sa snaží predať svoje veci a dokonca uvažuje o nelegálnych spôsoboch, ako získať peniaze, ale nič nefunguje.
Emmine dlhy sa stanú nekontrolovateľnými a Lheureux požaduje ich splatenie. Zúfalá a bez možnosti sa Emma obráti na Rodolpha a Leona o pomoc, no obaja odmietajú.
Emma, ktorá sa cíti uväznená a beznádejne, vezme z lekárne arzén a zomiera pomalou, mučivou smrťou. Jej posledné chvíle sú plné ľútosti a bolesti, keď si uvedomuje dôsledky svojich činov.
Charles je z Emminej smrti zdrvený. V nasledujúcich dňoch objaví listy odhaľujúce jej pomery s Rodolphem a Leonom. Charlesovi to zlomí srdce a v šoku z pravdy sa mu zhorší zdravotný stav.
Stáva sa tieňom svojho bývalého ja, prenasledovaného spomienkami na Emmu a ich spoločný život. Čoskoro umiera a ich dcéra Berthe zostane sama.
Berthe je poslaná žiť k chudobnému príbuznému. Bez rodičov ju čelí ťažkému a osamelému životu. Často je zanedbávaná a musí tvrdo pracovať, aby pomohla svojim príbuzným vyžiť.
Emmina snaha o lepšiu a vzrušujúcejšiu existenciu viedla k tragédii nielen jej samej, ale aj celej jej rodiny.
